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実験的混合感染サンプルにおけるPRRSV検出と同定に対するNGSコンティグ精度の評価

Evaluating NGS-generated contig accuracy for detection and assignment of PRRSV against a reference genome in experimentally mixed PRRSV infection samples.

Frontiers in Veterinary Science 論文発表日: 2026年9月22日

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3行まとめ

豚繁殖・呼吸障害症候群ウイルスの複数株混合サンプルに対する次世代シーケンスの検出・同定能を評価した。
株構成の正答率は89.7%であり適切なしきい値設定により部分ゲノムからでも正確な株同定が可能であった。
現場サンプルにおける混合感染やワクチン株の混在をNGSコンティグから解釈する際の指針として活用できる。

この論文の要約

目的: 豚繁殖・呼吸障害症候群ウイルス（PRRSV）の複数株による混合感染は養豚現場で一般的であり、診断を複雑にする。本研究では、株数やウイルス量、混合比率を変えたサンプルにおける次世代シーケンス（NGS）のPRRSV-2検出・同定能力を評価し、NGSデータの解釈指針を得ることを目的とした。
対象と方法: 野生株3株と市販生ワクチン株6株のPRRSV-2を、現場条件を反映したCt値21および27となるよう処理液に添加して標準化混合サンプルを作製し、NGS解析を実施した。
主な結果: 全混合サンプルの89.7%で正しい株構成が同定された。1:9の混合系では10%濃度のウイルスを95.8%（23/24）で検出した。参照株とのヌクレオチド一致率はウイルス量低下に伴い減少したが、高濃度で98%以上、低濃度で96%以上のしきい値により正確な同定が可能であった。検出失敗は10.3%（8/78）で生じ、その75%（6/8）は4株以上の複雑な系であった。野生株が複数ある場合に生ワクチン株の検出漏れが生じたほか、0.7%で人工組換えコンティグが確認された。
臨床的意義: 適切なしきい値設定と参照配列があれば、部分ゲノム情報からでもPRRSV変異株の構成を解釈可能であり、現場検体のNGS結果を解釈する実用的な指針となる。