子馬の関節液における全長16S rRNAシーケンス解析と細菌培養の実質的一致

3行まとめ

• 子馬の関節液における全長16S rRNAシーケンス解析と従来の細菌培養結果との一致度を調査した。
• 次世代シーケンスと培養結果は実質的に一致し培養陽性検体ではKlebsiella属が有意に多かった。
• 培養陰性だが感染性関節炎が疑われる症例において次世代シーケンスが診断補助となる可能性がある。

この論文の要約

目的

全長16S rRNAロングリードシーケンスを用い、感染性関節炎の有無で分類された子馬の関節液マイクロバイオームプロファイルを記述し、細菌培養との一致度を評価することである。

対象と方法

2018〜2024年に単一の馬二次診療施設で採取・保管された子馬の関節液50検体を用いた回顧的観察研究である。標準的な細胞診および細菌培養により感染性を分類し、MinIONを用いて抽出DNAのシーケンスを実施した。多様性解析や差次発現解析に加え、GwetのAC1係数を用いて培養とシーケンスの一致度を検証した。

主な結果

α多様性（シャノン指数）は培養陽性検体で高かった（平均差0.42、95% CI: 0.12〜0.72）。マイクロバイオーム構成は培養および細胞診の状態により異なっていたが、年齢や関節部位による菌種の差はなかった。培養陽性検体ではKlebsiella属が有意に多かった。培養陽性結果とシーケンスでの最優占属の一致度は0.774（Gwet AC1係数）であり、実質的な一致（substantial agreement）が認められた。

臨床的意義

次世代シーケンス解析結果は従来の細菌培養と実質的に一致しており、細菌培養が陰性であっても感染性関節炎が疑われる子馬において、診断の補助となる可能性がある。

⚠️ この要約はAIが自動生成したものです。